Brandon Boyd, vocalista, y José Pasillas, baterista, fueron a primaria juntos. En 1990, en 8° Grado, José conoció al guitarrista, Mike Einziger, quien pasaba la mayoría de su tiempo libre tocando guitarra en su habitación. Después, yendo a la Secundaria Calabasas, el par se hizo amigos con Alex Katunich (Dirk Lance), bajista, quien había sido despedido de una banda de jazz por no saber cómo leer música. El trío decidió que habrían de tocar juntos. Al principio sólo tocaban canciones de Megadeth, Metallica y Nirvana de las cuales José no estaba muy interesado, pero tocaba de todas maneras. Estos covers les hicieron tocar en algunas fiestas, y los tres se convirtieron en el entretenimiento del vecindario.

Un par de meses después el trio se encontró con las habilidades excepcionales de canto que Brandon poseía, así decidieron formar una banda, y dejaron de tocar covers, para escribir propias. La primera canción de la banda, "Love Sick", sonaba como una canción de Incubus típica,y tenía elementos de Funk y Thrash en ella. Otras canciones escritan en este periodo de tiempo fueron: "Purple Kool-Aid", "Sylvester Polyester", "My Soul (The Underground), y "The Milkman Song". También, en 1991, el grupo comenzó a tocar en fiestas, su primera para una amigo llamado Kristen. El grupo todavía no tenía un nombre. Y Brandon sugirió "Spinal Staircase", Alex sugerió "Chimera" y "Chunk-o-Funk". Mike decidió ir a buscar un diccionario y encontró la palabra Incubus. La banda pensó que la palabra era buena, si no, por lo menos, la definición, así que la usaron para su primer fiesta. La fiesta fue un desastre para el grupo pues varias cosas no funcionaron.

Durante los siguientes años, el grupo siguió componiendo canciones como: "Damnation?", "Backwards", y "Miss Bliss".  La banda no desaprovechaba ninguna oportunidad para tocar, inclusive lo hacían a la hora del almuerzo. Luego continuaron presentándose en fiestas y clubes.

Mientras Brandon y José asistían al Moorpark Community College, Mike decidió probar suerte en la banda de una artista desconocida en ese entonces, Alanis Morissette.  Esta pequeña separación pareció caerles muy bien, pues la banda regresó con fuerza para continuar con sus presentaciones.  Después, lanzaron su primer demo llamado "Closet Cultivation".

Incubus había estado grabando sus demos usando una máquina casera, hasta que Mark Shoffner, un manager, les ofreció un estudio para grabar sus canciones , sin ningún contrato de por medio.  De esta forma, el 7 de enero de 1995, la banda lanzó el demo "Incubus".  Unos diez meses más tarde, luego de grabar con Jim Wirt en Santa Mónica, California, Incubus lanzó su primera producción bajo el sello independiente "Stopuglynailfungus Music on Chillum".  El lanzamiento fue el 1° de noviembre de 1995 y se llamó "Fungus Amongus".

Posteriormente DJ Lyfe se unió a la banda y el grupo firmó con Immortal Records.  El grupó gustó como banda en vivo y  así, se dedicaron a tocar por toda la costa oeste de los Estados Unidos.  Luego Immortal Records lanza "Enjoy Incubus" el 7 de enero de 1997, el cual contenía 2 canciones nuevas en las cuales participaba DJ Lyfe.

La fanaticada del grupo comenzó a crecer mientras hacían gira con KoRn y Urge por Europa.  Por otra parte, Jim Wirt decidió que el grupo se uniera a otros artistas como Korn, Metallica, Filter, Chemical Brothers, entre otros, para producir el soundtrack de la película Spawn.  El 29 de julio de 1997 fue lanzado este disco, que incluía la canción "Familiar" en la cual Incubus compartía roles con DJ Greyboy.

Luego de estar en gira, la banda lanzó "S.C.I.E.N.C.E" el 9 de septiembre de 1997 y se encaminó a promocionarlo. De esta manera, Incubus luego de una gira pequeña, salió en tour con 311 y Sugar Ray.  Esta gira en principio se planeó sólo para los Estados Unidos, pero debido al gran éxito, ésta se extendió hacia otros países. 

Poco después, en febrero de 1998, DJ Lyfe deja la banda a pedido de ellos mismos, pues con él la banda no podía crecer.  Es así como el DJ Chris Kilmore llega para reemplazarlo permanentemente dada la gran actitud que poseía.  El nuevo Dj fue muy aceptado por los fans, quienes creyeron mucho en este nativo de Pittsburgh, Pennsylvania. 

Luego de una gira muy productiva con Sugar Ray y 311, Incubus comenzó una nueva etapa iniciando un nuevo tour con Cold y  Limp Bizkit.  Más tarde, la banda participó del Ozzfest "98, que incluyó a Snot, Tool, Coal Chamber, Ultraspank, Limp Bizkit, System of a Down, entre otros. Luego del Ozzfest, participaron del Family Values con la canción "New Skin". 

Al terminar sus giras y después de un arduo trabajo, se tomaron un tiempo para producir su nuevo disco.  Así, el 26 de octubre de 1999 lanzaron "Make Yourself". Después del lanzamiento de "Make Yourself" , la banda realizó una gira con Primus y Buckethead que duró hasta finales de 1999. Con nuevo disco, lanzaron el primer single "Pardon me" el cual tuvo un gran éxito, logrando que "Make Yourself" sea disco de oro (500,000 copias vendidas) en Abril del 2000.  Para empezar el 2000, la banda participó en el Sno-Cor Tour con System of a Down y Mr. Bungle hasta Marzo. Después salieron en gira con Ultraspank hasta Abril. En Mayo volvieron a los tours con sus viejos amigos, 311.

Luego, el segundo single del "Make Yourself" fue "Stellar" fue lanzado, que también tuvo una gran acogida, asentándose en el Billboard. Incubus lanzaría un disco acústico titulado "When Incubus Attacks Volume 1" el 22 de agosto del 2000, el cual vendió 40,000 copias en su primera semana.

La banda luego de paticipar nuevamente en el Ozzfest realizó shows acústicos.  El 5 de octubre del 2000, Make Yourself se volvió Disco de Platino (1,000,000 de copias vendidas). La banda salió de gira otra vez esta vez con Taproot y Deftones. Dada la gran demanda de los fanáticos por su primera producción "Fungus Amongus", la cual era casi imposible de conseguir, la banda decidió relanzar este disco el 7 de noviembre del 2000.  La banda contribuyó en el tributo a Lynn Strait de la banda Snot.  En esta producción Brandon contribuyó con su voz en "Divided" y "Angels Son". Para terminar el año realizaron un concierto acústico por navidad con una orquestra.

Comenzando el 2001, el grupo lanzó el 15 de enero, el tercer sencillo del "Make Yourself", titulado "Drive". Esta canción tuvo un gran éxito al igual que los otros dos cortes de este álbum.  Luego, la banda se dirigiría a su estudio en Malibu, California para iniciar la grabación del nuevo disco.  En Julio, "Make Yourself" se volvió  Doble Platino (2 millones de  copias vendidas).  Posteriormente, salen de gira con sus amigos de Hoobastank, mientras que el video de "Drive" es nominado a los MTV VMA"s 2001.  Lamentablemente, N\\'Sync ganó el premio.

Mientras estaban de gira con Hoobastank, el grupo lanzó el 21 de agosto del 2001, el single "Wish You Were Here" incluído en su nueva producción "Morning View". Esta canción rápidamente ascendió en los charts y paralelamente se lanzó el video de la canción en MTV. El single llegó al #2 en América y el video era repetido constantemente en MTV y VH1.

El 23 de octubre del 2001, Incubus lanzó su 4to. disco titulado "Morning View", que debe su nombre a la calle en la que se encontraba la mansión en la que grabaron el disco. Morning View llegó al número 2 en el ranking Billboard Top 200 después de 260.000 copias en su primera semana. El single, "Wish You Were Here continuó la manía y estuvo en los ranking de Rock Moderno por más de tres meses.

Incubus contribuyó su música a MTV y MTV2 "Semana de la nueva música". Contribuyeron 30 minutos de "Morning View Sessions" a MTV y 60 minutos a MTV2.

A mediados de Diciembre, Incubus lanzó "When Incubus Attacks Vol 2", que llegó al número 2 en su primera semana en los ranking. Siendo su primer DVD, lo lanzarón con más de 150 minutos de puro Incubus. Luego lanzaron "Nice To Know You" en Enero del 2002 e hicieron presentaciones promocionándolo en shows tales como TRL.

La promoción ayudó, poniendo a Incubus de vuelta en los rankings y con su nuevo éxito, Incubus se embarcó en una gira a Europa y luego a Japón. Tocando con Hoobastank, Incubus estaba vendiendo 5.000 a 10.000 asientos por concierto, la mayor cantidad que hayan vendido. Mientras estando en Sydney, la banda rodó el video para su nuevo single (que sería lanzado sólo en EE.UU por el momento) , "Warning" en Marzo. A la vuelta a los EE.UU la banda rodó en Los Angeles, California, el video para su single, "Are You In?", (el cual fue lanzado en todo el mundo excepto en EE.UU). La banda luego lanzó su DVD llamado "Morning View Sessions" el 28 de Mayo.

Luego de un pequeño descanso reanudaron las giras para tocar ante 20.000 personas para el Tour Honda Civic, El Civic Tour fue un tour patrocinado por Honda, Incubus pudo diseñar 6 autos y darlos gratis a los asistentes de los conciertos.

Para empezar Otoño lanzaron "Circles" como single, éste fue un single solamente para la radio de EE.UU, sin planes para un video. Incubus lanzó una edición limitada de "Morning View" el 1 de Octubre para coincidir con su "Morning View Fall Tour".
La nueva versión contenía la versión de noche de "Are You In?" que se podía acceder desde su página oficial, y un DVD llamado "Morning View After View", éste traía metraje de su tour entre otros.

Luego de concluir su tour participaron en un show acústico exclusivo que se realizó con en su mansión de Malibu con sólo 100 asistentes, éste fue patrocinado por KROQ y fue emitido por ésta. Esta última presentación en el 1 de Noviembre trajo consigo la conclusión de un era. Su último show del tour sería el último para promocionar "Morning View". También sería el último con su bajista Dirk Lance, al cual se le pidió su ida debido a diferencias creativas y personales. Dirk fue reemplazado pasivamente por Ben Kenney, quien pertenecía a The Roots, el cual inmediatamente comenzó a trabajar con Mike en un proyecto de Jazz-Funk Psicodélico llamado Time Lapse Consortium.

El día 6 de Enero, del 2003, la banda comenzó a trabajar en su nuevo disco mientras tanto, Mike, Ben y José hicieron una presentación en The Roxy, el 24 de Enero con Suzy Katayama y Time Lapse Consortium. El acto que tiene una orquesta de 11 piezas, también incluye a Neal Evan de Soulive, Suzy Katayama ha trabajado con Incubus anteriormente en arreglos orquestrales como Aqueous Tranmission y "Almost Acoustic X-Mas" de KROQ. El show fue el primero del grupo, el cual es describido como "Un viaje intrumental en el mundo del Funk Psicodélico".

En Febrero, en medio del cambio y la renovación, la banda forzó a su sello a renegociar su contrato. Incubus, quienes habían firmado con Epic/Inmortal, una subsidiaria de Sony, por 7 años usaron la ley de los Siete Años como herramienta para negociar. Después de haber lanzado 3 exitosos discos, la banda había sido compensada pobremente comparado con las ganancias que habrían generado para Sony. La banda introdujo una demanda contra su sello para librarse de su contrato a lo cual Sony contrademandó.

En Marzo, Mike Einziger, con Scott Litt, Dave Holdredge, y Rick Will, perdieron un premio Grammy por "Mejor Ingenería en un Album" por su trabajo en Morning View, ante Norah Jones. El 3 de Abril, después de semanas de rumores sobre la ida de Dirk Lance, un anuncio oficial fue hecho por la banda. Una decisión fue alcanzada por los miembros de Incubus en cara a cara al final de su "Morning View Tour" respecto a Dirk, la banda dijo que la división fue necesaria debido a "Diferencias Creativas Irreconciliables". Casi inmediatamente después del anuncio de un juevo bajista, el 11 de Abril del 2003, el caso contra Sony fue llevado a un acuerdo. Los dos lados acordaron en un nuevo contrato que les da a Epic/Inmortal tres discos más con la opción de un cuarto.

En la mitad del 2003, después de haber superado las dificultades de principios de año, la banda se estaba preparando para tocar en el resucitado Lollapalooza con Jane\\'s Addiction, Audioslave, Jurassic 5, y Queens of the Stone Age.